Con la camiseta del club español, “Josema” lleva disputados un total de 290 partidos, en dónde convirtió 12 goles y brindó 10 asistencias. Además, tiene en su palmarés, dos Ligas de España (temporadas 2019-2014 y 2020-2021), una Supercopa de España en 2014, así como dos títulos internacionales, la UEFA Europa League 2017-2018 y la Supercopa de Europa en el año 2018.
Desde muy joven empezó su carrera, y lentamente se fue volviendo uno de los grandes ídolos del Atlético Madrid, club que, pese a tener ofertas de otros países, siempre decidió poner por delante.