Solamente contó con dos participaciones de destaque. En 2011 fue finalista de la Copa Libertadores cayendo ante Santos y en 2021 llegando a semifinales de la Copa Sudamericana (eliminando a Nacional con triunfo en el Parque Central), pero cayendo ante Atlético Paranaenese.
Del viejo Peñarol Campeón Del Siglo XX, quedó el recuerdo y la esperanza que florece en cada nueva temporada, pero el hincha recibe cachetadas año tras año.
El prestigio logrado por las generaciones de éxito quedó para los libros y las estadísticas. Peñarol no encuentra respuestas a nivel internacional en el nuevo siglo e intenta dar vuelta la página para volver a empezar.
Competiciones Internacionales en el siglo XXI
Copa Libertadores 2001 eliminado en fase de grupos
Copa Libertadores 2002 eliminado en cuartos de final
Copa Libertadores 2003 eliminado en fase de grupos
Copa Libertadores 2004 eliminado en fase de grupos
Copa Sudamericana 2004 eliminado en segunda fase
Copa Libertadores 2005 eliminado en fase previa
En 2006 sin actividad internacional
En 2007 sin actividad internacional
En 2008 sin actividad internacional
Copa Libertadores 2009 eliminado en fase previa
En 2010 sin actividad internacional
Copa Libertadores 2011 finalista
Copa Libertadores 2012 eliminado en fase de grupos
Copa Libertadores 2013 eliminado en fase de grupos
Copa Libertadores 2014 eliminado en fase de grupos
Copa Sudamericana 2014 eliminado en octavos de final
En 2015 sin actividad internacional
Copa Libertadores 2016 eliminado en fase de grupos
Copa Libertadores 2017 eliminado en fase de grupos
Copa Libertadores 2018 eliminado en fase de grupos
Copa Libertadores 2019 eliminado en fase de grupos
Copa Libertadores 2020 eliminado en fase de grupos
Copa Sudamericana 2020 eliminado en segunda fase
Copa Sudamericana 2021 semifinales
Copa Libertadores 2022 eliminado en fase de grupos
Copa Sudamericana 2023 eliminado en fase de grupos (último en toda la competición).
