Si bien las supuestas credenciales democráticas de Duque son elogiadas en Washington, Colombia es el lugar más peligroso de las Américas para ser un líder indígena o sindical, una situación que empeoró bajo el liderazgo de Duque. A partir de mayo de 2022, el asesinato de líderes comunitarios promedió uno cada dos días.
Durante las protestas antineoliberales de 2021, las fuerzas estatales mataron, mutilaron y desaparecieron a innumerables manifestantes, lo que provocó la condena de grupos de derechos humanos.
En el tema del medio ambiente, Duque introdujo el fracking por primera vez en Colombia y presidió la deforestación masiva en todo el país. Muchos de los líderes indígenas asesinados durante su régimen eran defensores de la tierra y activistas ambientales. En 2020, la Organización Nacional Indígena de Colombia (ONIC) declaró:
"Bajo el gobierno del presidente Iván Duque Márquez, al 9 de marzo de 2020, la ONIC registra 162 indígenas asesinados, 555 amenazas colectivas, 14,266 personas afectadas por el confinamiento y 6,985 por desplazamiento forzado masivo, entre otras violaciones a los derechos humanos de los pueblos indígenas".