En 2005 renunció a su banca en discrepancia con la política del gobierno del Frente Amplio respecto a la participación uruguaya en la misión militar en Haití.
Fue el Partido Socialista, a través de sus cuentas oficiales que confirmó la noticia: «Lamentamos comunicar el fallecimiento de nuestro entrañable compañero Guillermo Chifflet. En la coherencia y la entrega de Guillermo va nuestro compromiso de seguir luchando sus mismas causas».
De inmediato dirigentes y representantes de diversos sectores de la vida social y política expresaron sus condolencias al PS y a la familia de Chiflet. Entre ellos el presidente Luis Lacalle Pou, la Asociación de la Prensa -de la que Chiflet fue dirigente- y el Frente Amplio.