Luego, en 1945 disputaron la final de la Copa Escobar Gerona en partidos de ida y vuelta. En la ida ganó Nacional 2 a 1 en partido jugado en la cancha de San Lorenzo. En el juego de vuelta ganó Boca Juniors 3 a 2 en el Centenario..
Luego pasaron 46 años para que se volvieran a cruzar oficialmente. En 1991, Nacional y Boca se cruzaron en los octavos de final de la Supercopa. El partido de ida se disputó en La Bombonera el 3 de octubre. Ese partido terminó igualado 1 a 1 con gol de Julio César Dely Valdéz para los tricolores. La vuelta se jugó en el estadio Centenario el 9 de octubre y fue victoria tricolor 2 a 1. Los goles del albo fueron convertidos por Venancio Ramos y Héctor Morán.
Luego pasaron 9 años para que se volvieran a cruzar en otra copa, esta vez fue por la fase de grupos de la Mercosur. El primer choque se jugó en Buenos Aires el 29 de agosto. El partido terminó igualado 1 a 1 y el gol de Nacional fue fue en contra del colombiano Jorge Bermudez. La vuelta se disputó el 17 de octubre en el estadio Centenario y el partido salió 3 a 3, anotando el argentino Pablo Islas en dos oportunidades y el restante fue de Mario Regueiro.
En el 2006 otra vez se cruzaron los dos grandes, pero esta vez por los octavos de final de la Copa Sudamericana el 28 de setiembre en el estadio Centenario, Nacional venció 2 a 1 a Boca Juniors con goles de Marcelo Tejera y Diego Alonso.
La vuelta de disputó un 12 de octubre en la ciudad de Salta y Boca ganó 2 a 1, y fueron a la tanda de penales en donde Nacional logró eliminar al equipo xeneize.
Siete años después de esa victoria tricolor por la Sudamericana Nacional y Boca Juniors se volvieron a ver las caras en la fase de grupos de la Copa Libertadores. Nacional venció en La Bombonera 1 a 0 con gol de Andrés Sctotti y en la revancha disputada en el Centenario ganó Boca Juniors también por 1 a 0.
El último cruce entre estas dos instituciones, fue por cuartos de final de Copa Libertadores del 2016. En el Gran Parque Central igualaron 1 a 1 y el gol de los albos fue de Sebastián Fernández. En la vuelta también empataron 1 a 1 con gol en contra de Cata Díaz, pero en la definición por penales el xeneize accedió a las semifinales del torneo.
Este es otro año, otra copa, otros planteles. La mesa está servida. Nacional y Boca Juniors se volverán a ver las caras este miércoles en un choque que tiene más de 100 años de historia.