El arquitecto Juan Luis Sanz explicó el trazo para reconstruir el convento perdido. La capilla no se encontraba pegada a la iglesia, sino que estaba separada por lo que llamaban el tránsito oscuro. En el mismo convento se enterró a Fray Antonio de Guevara, ilustre escritor, que acabó siendo obispo de Mondoñedo. También fue enterrado allí Hernando de Cabezón.
El almirante Colón acabó sus días en Valladolid, pero sus restos mortales fueron después transportados a Sevilla, y después a la ciudad de Santo Domingo en 1544, según sus deseos. Más tarde se trasladarían a Cuba hasta su repatriación definitiva a Sevilla en 1898.
Sin embargo, República Dominicana afirma que los restos de Colón, o al menos una parte de su esqueleto, reposa todavía en la isla, en el Faro de Colón, hipótesis que no fue excluida por los genetistas en 2005. El misterio rodea la figura del conquistador como un halo de trascendencia. Quién sabe dónde están sus restos, pero su historia está en todos lados.