En 1996, bajo la presidencia de Ceferino Rodríguez en Nacional, fue designado miembro de la Comisión Fiscal en la Asociación Uruguaya de Fútbol, donde estuvo alrededor de una década. En 2012 ingresó en la vida política del club como opositor al entonces presidente Ricardo Alarcón como vocal en la Comisión Directiva.
Sin embargo, el propio Alarcón lo propuso como candidato a la presidencia en las elecciones de aquel año, cuando perdió 7-4 con Eduardo Ache. Después fue opositor de José Decurnex en las elecciones de 2018, pero cuando este anunció en 2021 que no se presentaría a la reelección, lo postuló como su sucesor para los comicios del 11 de diciembre, que determinaría las autoridades para el período 2021-2024.
Fuentes asumió como el 37° presidente de Nacional el 16 de diciembre de 2021 durante un acto realizado en el campo de juego del Gran Parque Central. “Simplemente decirles que este equipo no los va a defraudar, tenemos como objetivo poner a Nacional primero y vamos a cuidar muchísimo la unidad del club. Nuestro principal objetivo es la unidad de Nacional, estamos seguros que los once que estamos aquí, vamos a trabajar por ello, solo resta ponernos a trabajar”, dijo en esa ocasión.
Casi un año más tarde y después del triunfo sobre Liverpool en la definición del Campeonato Uruguayo, Fuentes declaraba: “Fue un año redondo. Se ganaron el Intermedio, el Clausura y la Anual, y somos lógicos campeones del Uruguayo. Suárez vino para regalarnos esta alegría a los hinchas de Nacional”.
