Esa situación marcó un importante debilitamiento en la confianza que la dirigencia del ahora partido FARC pudiese tener en el gobierno colombiano; Iván Márquez, quien gracias a los acuerdos quedó nombrado como uno de los cinco senadores del recién creado partido, decidió no tomar posesión del cargo y empezó retirándose a uno de los espacios territoriales, lejos de Bogotá, para finalmente desaparecer por completo del radar.
Esto a su vez despertó las suspicacias de los enemigos del proceso, quienes se apresuraron en afirmar que Márquez, así como otros ex comandantes que decidieron irse de Bogotá y resguardarse en otros lugares por temor a ser procesados o asesinados, estaban de regreso en la guerra.
Aunque estas versiones han sido desmentidas por los mismos protagonistas poco a poco, es claro que ya hay un daño hecho. Daño que hoy tiene un nuevo capítulo, cuando el Fiscal General de Colombia Néstor Humberto Martínez, dice públicamente que en realidad la Fiscalía de Colombia no tiene ninguna prueba contra Santrich, y que procedieron a su detención únicamente con la solicitud hecha por Estados Unidos.
Las críticas no se han hecho esperar, pues esta situación deja en evidencia al menos dos cosas: la primera, que la justicia colombiana está completamente supeditada a los mandatos de Estados Unidos, y la segunda, que no existió en ningún momento la menor intención por parte de las instituciones de Colombia para darle prioridad al acuerdo de paz y su implementación, poniéndolo por encima de una solicitud sin las pruebas correspondientes, hecha desde la embajada de Estados Unidos.
