En el interior, cubierto de polvo, se encontraron los restos prácticamente intactos de la supuesta María Magdalena, a excepción de la mandíbula, que había sido exhumada siglos antes para ser llevada a Roma y la parte inferior de una de sus piernas. También se encontró una tablilla de madera recubierta de cera con una inscripción en latín: “Hic requiescit corpus beatae Mariae Magdalenae” (“Aquí reposa el cuerpo bendito de María Magdalena”).
En la tumba también fueron halladas la Santa Ampolla, una esfera de vidrio que contenía tierra empapada con la sangre de Jesús recogida a los pies de la cruz por la propia María Magdalena, además de un diminuto trozo de piel pegado a la calavera, concretamente en la zona donde Jesús había tocado a la mujer de Magdala tras su resurrección. Ese trozo de piel fue llamado por los obispos presentes en la exhumación “noli me tangere” (“no me toques”), en referencia a las palabras pronunciadas por Jesucristo tras aparecerse a María Magdalena y porque supusieron que a través del milagro del toque de Jesús, la piel aún estaba viva. Los encargados de las reliquias sellaron cuidadosamente el “noli me tangere” en un florero de vidrio.
Según la creencia popular, esta última reliquia es incorruptible y milagrosa y desprende un agradable aroma idéntico al descrito en el relato de la apertura de la tumba de Francia de la célebre discípula de Jesús.