En 1848, a los 18 años, se casó con Moritz von Ebner-Eschenbach, su primo, quien llegó a ostentar el grado de mariscal de campo. Debido a los deberes militares de Moritz se mudaron varias veces. Vivieron primero en Viena, luego en Klosterbruck y hacia 1860 regresaron a Viena.
Quien cree en la libertad de la voluntad humana, nunca ha amado ni odiado Quien cree en la libertad de la voluntad humana, nunca ha amado ni odiado
Marie dedicó su carrera literaria al género dramático y escribió en alemán. En 1858 publicó una serie de cartas de manera anónima, titulada Desde Franzensbad, en la que retrató a la burguesía y a la nobleza de su tiempo mediante la sátira y la ironía.
En 1860 publicó por primera vez con su firma una obra titulada María Estuardo en Escocia. Le siguieron Prinzessin von Banalien en 1872; Bozena en 1876; Aforismos en 1880; Krambambuli en 1881; Neue Erzählungen en 1881; Lotti, die Uhrmacherin en 1883; Dorf- und Schloßgeschichten en 1883; Zwei Comtessen en 1885; Das Gemeindekind en 1887; Unsiihnbar en 1890; Parabeln, Marchen y Gedichte en 1892; Glaubenslos? en 1893; Aus Spätherbsttagen en 1901.
La escritora, que destacó por sus novelas psicológicas, es un claro de ejemplo de que nadie es profeta en su tierra. Con los años ganó gran popularidad en países de habla alemana, pero en su tierra natal no fue bien recibida ni es recordada con admiración, posiblemente porque escribía en alemán.
En los años 1910 y 1911 fue nominada al Premio Nobel de Literatura. Fue la primera mujer de la historia en recibir el doctorado honoris causa de la Universidad de Viena. Murió en Viena el 12 de marzo de 1916. Como había pedido, fue enterrada en la tumba familiar de los Dubský en Zdislavice.
