Alarcón desde su llegada a la presidencia de Nacional en el 2006 marcó una nueva política administrativa del club. Se implementó un proyecto llamado «Cultura Nacional» dirigido a apuntalar la imagen institucional del club y reforzar su estructura institucional, tales como el caudal de socios, la ampliación del Gran Parque Central entre otros. En el 2009 se presentó a la reelección para el cargo de presidente ganando las elecciones por abrumadora mayoría, obteniendo 10 cargos para su lista, contra sólo uno para la lista opositora conducida por Mario Garbarino.
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En el plano deportivo, Nacional conquistó el Campenotato Uruguayo 2008-2009, el del 2010-2011 y 2011-2012 y además de las Liguillas Pre Libertadores de 2007 y 2008, también logró alcanzar unas de las mejores posiciones a nivel continental de los últimos años, al llegar a las semifinales en la Copa Libertadores 2009.
En cuanto a los logros a nivel social, en octubre se dio a conocer que el club llegó a los 25.000 socios, incrementando en un 42,86% su caudal social durante 2 años y medio de su presidencia, tomando en cuenta que el club contaba con aproximadamente 17.500 . Al cierre de su segundo mandato en noviembre de 2012 previo a la entrega de su presidencia, Nacional contaba con alrededor de 52000 socios.
Fue sucedido en el cargo por Eduardo Ache el 12 de diciembre de 2012